Животный мир
Богат заповедник пластинчатоклювыми (21 вид). Больше всего гнездится уток — крякв и чирков-свистунков. Численность уток тесно связана с режимом уровня водохранилища. В годы с медленным весенним подъемом уровня и поздним его пиком много утиных гнезд затапливается. Неблагоприятно также и резкое снижение уровня во второй половине лета, при котором обсыхающие мелководья теряют кормовое и защитное значение для выводков. Высокий и ранний подъем уровня и медленное снижение его к осени благоприятствуют выведению и выращиванию птенцов, и в такие годы численность уток резко возрастает. Так, с 1949 по 1973 г. в разные по гидрологическому режиму годы численность крякв на одном из постоянных 10-километровых учетных маршрутов вдоль берега водохранилища колебалась от 50 до 1000 птиц, а чирков-свистунков — от 50 до 900 особей (Немцев, 1979). Обычны, но гораздо менее обильны на гнездовье шилохвости, свиязи, чирки-трескунки, хохлатые чернети, гоголи, еще реже встречаются красноголовые нырки, широконоски и лутки.
Численность гоголя, совсем было исчезнувшего после затопления поймы, резко возросла в связи с применением искусственных гнездовий. Методика Привлечения гоголей была разработана орнитологом заповедника В. В. Немцевым и впоследствии Использована охотничьими хозяйствами на всем водохранилище. В заповеднике из 350 гоголиных дуплянок ежегодно бывает занято 40-50%.
Особенно многочисленны водоплавающие птицы, делающие остановки во время пролета. Осенью обычны морская чернеть, морянка, синьга, турпан, большой и длинноносый крохали. Осенью вблизи заповедника отдыхают и кормятся до 8-10 тыс. пролетных уток, в крупных стаях бывает по нескольку сот птиц.
Во время весенних миграций в заповеднике регулярно останавливаются белолобые гуси и гуменники, от нескольких сот в первые годы до 10-15 тыс. в 70-е. Подобного скопления северных гусей во время пролета нет на других участках водохранилища. Сейчас в связи с быстрым зарастанием лугов лесами численность останавливающихся пролетных гусей сократилась в 2-3 раза. Преобладают белолобые гуси, гуменников значительно меньше. Ежегодно в заповеднике остается летовать около десятка неполовозрелых серых гусей.
Лебедь-кликун регулярно встречается на пролете весной и осенью. Весной лебеди летят небольшими стайками, осенью некоторые стаи насчитывают до 60 птиц. В последние годы кликуны стали задерживаться на заливах водохранилища и на нескольких внутренних озерах заповедника и охранной зоны. В 1983 г. на одном из крупных озер вблизи заповедника загнездилась и благополучно вывела птенцов! одна пара лебедей.
В заповеднике гнездятся 12 видов хищных птиц: беркут, орлан-белохвост, большой подорлик, скопа, канюк, черный коршун, болотный лунь, дербник, чеглок, пустельга, ястреб-тетеревятник и ястреб-перепелятник. На пролете бывают осоед, зимняк, полевой лунь. Из занесенных в Красную книгу России хищных птиц в заповеднике ежегодно гнездится 10-12 пар орланов-белохвостов и 16-20 пар скоп, не каждый год — одна пара беркутов. Но беркуты встречаются постоянно. Оседлые ястреб-тетеревятник и ястреб-перепелятник очень немногочисленны.
Из сов чаще других встречается филин, в заповеднике ежегодно гнездится около 10 пар. Другие совы очень редки. В гоголиных дуплянках иногда поселяются мохноногие сычи, изредка гнездятся болотные и ушастые совы, серые неясыти, а на пролете встречается ястребиная сова и длиннохвостая неясыть.
Широко распространены по всей территории заповедника и довольно многочисленны куриные птицы — глухари, тетерева, рябчики и белые куропатки. В среднем их около 10 тыс. (глухарей — 1-1,5 тыс., тетеревов — 4-5 тыс., белых куропаток — 1,2-2 тыс., рябчиков — 1-1,5 тыс.). За последнее десятилетие численность всех этих видов сократилась почти вдвое, по-видимому, из-за неблагоприятных погодных условий в период размножения — весенних похолоданий, снегопадов и холодной дождливой погоды во время выведения молодняка.
Тетеревиные птицы в заповеднике не испытывают недостатка в кормах и местах, пригодных для гнездования. Глухариные тока находятся главным образом в низкобонитетных сосняках по сфагновым болотам. Тока невелики, по 6-8, максимально 12 петухов. Тетерева токуют в самых разнообразных биотопах: на открытых сфагновых болотах, на суходольных лугах, в зоне временного затопления. Больших скоплений птиц на токах также не бывает, на одном из самых крупных токов насчитывали, до 18 петухов.
Очень редко в заповедник залетают небольшие стайки серых куропаток, всего около десятка птиц. Они держатся обычно вблизи населенных пунктов, но судьба их незавидна — за зиму они сильно слабеют и погибают от бескормицы.
В связи с зарастанием лугов и исчезновением полей в заповеднике практически исчез перепел.
Из журавлеобразных наиболее обычны серые журавли, ежегодно гнездится около 50 пар, чаще всего на верховых болотах, иногда на всплывших торфяниках. В годы, когда осенью у берегов водохранилища рано освобождаются от воды обширные отмели, на них собираются сотенные предотлетные стаи журавлей. На озимях соседних совхозных полей часто кормятся крупные стаи по 50-60 птиц.
Ржанкообразные представлены 32 видами, из них фоновые, характерные для заповедника виды — это перевозчик, большой улит, фифи, черныш, бекас, сизая и озерная чайки, речная крачка. Редки и малочисленны гаршнеп, дупель, малый зуек, кулик-воробей, малая крачка. По сравнению с 50-ми годами значительно сократилась численность куликов, гнездящихся на лугах (чибис, большой кроншнеп) и песчаных островах (кулик-сорока, мородунка). Большой кроншнеп с исчезающих лугов переселился на верховые болота. Почти каждый год залетают в заповедник клуша и короткохвостый поморник. В период миграций встречаются северные кулики — золотистая ржанка, тулес, чернозобик, круглоносый плавунчик, кулик-воробей.
Из голубей обычны, хотя и немногочисленны гнездящиеся вяхирь и сизый голубь. Единичны встречи обыкновенной горлицы, а в последние годы — кольчатой горлицы. Нередки в заповеднике кукушка, козодой и черный стриж.
Самый многочисленный фоновый вид дятлов — большой пестрый, реже попадаются малый пестрый и черный дятел (желна), совсем редок седой дятел, и почти не встречается ранее здесь обитавший зеленый.
Наиболее многочисленны и разнообразны в заповеднике воробьиные птицы, их более 80 видов. В основном это типичные обитатели южной тайги, а также более широко распространенные виды. К фоновым видам относятся: из вьюрковых — зяблик; из славковых — пеночка-весничка, пеночка-теньковка, славки — завирушка, серая и садовая, камышевка-барсучок; из дроздовых — рябинник, белобровик, певчий дрозд, зарянка, восточный соловей, варакушка, горихвостка, луговой чекан; из трясогузковых — белая и желтая трясогузки и лесной конек; из корольковых — желтоголовый королек; из синиц — пухляк, большая синица, хохлатая синица; из врановых — сойка, кукша, серая ворона.
Немногочисленны, но повсеместно встречаются и гнездятся в свойственных им местообитаниях полевой жаворонок, береговая и деревенская ласточки, крапивник, лесная завирушка, пеночка-трещотка, садовая камышевка, серая мухоловка и мухоловка-пеструшка, длиннохвостая синица, обыкновенная овсянка, чиж, снегирь, чечевица, клест-еловик, скворец, иволга, ворон, галка.
Только на пролете можно увидеть рогатого жаворонка, лугового и краснозобого коньков, свиристеля, пуночку, чечетку, щура.
Очень редки в заповеднике черный дрозд, лазоревка, белая лазоревка, поползень. В некоторые годы осенью во время массовых миграций заповедник посещают кедровки. Для зимы характерны сороки, вороны, серые вороны, сойки, кукши, синицы, снегири, клесты. В годы с обильным урожаем красной рябины задерживаются стаи свиристелей, иногда остаются зимовать дрозды-рябинники.
Из семи видов земноводных, зарегистрированных в заповеднике, чаще всего встречаются остромордая и прудовая лягушки и серая жаба. Весной в лесных лужах и мелководных заливах скапливаются сотни остромордых лягушек, самцы которых в это время приобретают очень нарядную голубую окраску. По вечерам далеко разносится гул их монотонного хора. Одновременно с остромордыми лягушками в тех же местах мечут икру травяные лягушки, но их гораздо меньше. Прудовые лягушки обитают главным образом в мелководных заливах водохранилища и обычны по всему заповеднику. В некоторые годы, во время вспышек численности этого вида, буквально каждый водоем кишит лягушатами. Серая жаба немногочисленна, но регулярно встречается в лесах, на сфагновых болотах и по берегам водохранилища. Чесночница сравнительно редка, обитает в сухих борах, на вырубках, на лугах и в огородах. Два вида хвостатых амфибий — обыкновенный и гребенчатый тритоны — очень редки.
Пресмыкающиеся заповедника характерны для южной тайги. Это — живородящая и прыткая ящерицы, веретеница, обыкновенный уж и гадюка.
Живородящих ящериц в заповеднике гораздо больше других рептилий. Она заселяет самые различные биотопы — от сухих боров до заболоченных лесов и верховых болот. Прыткая ящерица редка и обитает только на высоких сухих участках берега, на старых вырубках или полянах, а еще более редкая веретеница — главным образом в березняках.